El esquema institucional está conformado por tres instancias:

1. El Consejo de Delegados, como instancia de definición política o Autoridad de Cuenca, conformado por dos delegados de cada país.
2. El Comité de Coordinación Trinacional como instancia de participación de la sociedad civil para la consulta y sugerencia de las futuras medidas, conformado por cinco representantes de cada uno de los países.
3. La Dirección Ejecutiva como instancia técnica de ejecución de la Comisión Trinacional, que tendrá como objetivo principal ejecutar las decisiones del Consejo de Delegados en sus Planificaciones de Actividades.